タイトルは聊か限定的な話ですが、よく起こりそうな例としてあげてみました。
サイトを構築して最後にSEOの施策としてGoogleのウェブマスターツールを利用するために、
sitemap.xmlを生成して送信するなどはよくある対応だと思います。

WordPressでのサイト構築の際、同様に、サイトマップとしてsitemapという名前のスラッグを用意することもまた、よくあることと思います。

WordPress（以下WP）では、.htaccess内の記述でmodrewriteを利用して仮想的にディレクトリを構築しますが
このmodrewriteのデフォルトの記述内容には若干のクセがあるため、sitemap.xmlとsitemapディレクトリが共存する環境下でサイトマップのページにアクセスすると、404エラーが表示されることがあります。
（ただし、sitemap.xmlには直接アクセスしても問題なく表示されます。）

まぁ、そもそも被らないように設計すればいいのでは？
と言われそうですが、既存のサイトからのリニューアルの場合ですと下手にURLを変更できないなどの制約がついて回ることもないとはいえないと思います。

・・・というわけで、このように同一の名前でもファイルとしては存在するが、ディレクトリとしては存在しない場合においての不具合を解消する方法を下記で紹介されているようですので、はじめに調査してみて上記の症状が出そうなら、標準的に導入を検討してみてはいかがでしょうか。

■mod_rewrite MultiViews - Minase's Blog - FYA